Приказом министра энергетики РФ 26 августа 2009 года создан оперативный штаб по восстановлению Саяно-Шушенской ГЭС.
В состав штаба вошли представители руководства Минэнерго России, правительства Республики Хакасия, ОАО «Русгидро», проектно-монтажных и ремонтных организаций, производителей энергетического оборудования, эксперты Академии наук РФ, профильных научно-исследовательских и проектных институтов. Руководителем штаба назначен заместитель министра энергетики РФ Станислав Светлицкий.
По словам министра энергетики РФ Сергея Шматко, оперативный штаб станет постоянно действующей структурой, который будет курировать восстановление Саяно-Шушенской ГЭС до окончания всех работ.
В основные задачи оперативного штаба будет входить управление всем комплексом вопросов по организации восстановительных работ на Саяно-Шушенской ГЭС, в первую очередь, подготовка плана восстановления станции и его практическая реализация.  В функции штаба входит также организация деятельности всех задействованных в восстановительном процессе ведомств и организаций, контроль над закупкой необходимого оборудования, выполнением строительных и монтажных работ с целью мобилизации всех возможных ресурсов для восстановления Саяно-Шушенской ГЭС в короткие сроки.
Для усиления корпуса действующих ремонтных и подрядных бригад на Саяно-Шушенскую ГЭС в ближайшие дни прибудут дополнительные бригады специализированного ремонтного и строительного персонала из других филиалов ОАО «Русгидро». На сегодняшний день на восстановительной площадке работает 1150 человек специалистов ремонтных подразделений ОАО «Русгидро». Всего до конца текущей недели планируется задействовать на восстановительных работах 2 500 человек.
Сейчас на станции реализуется план организационно-технических мероприятий по ликвидации последствий аварии, в рамках которого продолжаются работы по уборке поврежденного оборудования, почти полностью завершена откачка воды из машинного зала и ведутся работы по осушению оборудования и помещений, принимаются меры по восстановлению каналов связи, конструкций крыши и стен здания. После восстановления поврежденных путей производственных кранов ремонтные бригады приступят к демонтажу поврежденного крупногабаритного оборудования.
В настоящий момент основные силы на станции направлены на обследование гидроагрегатов, определение степени их поврежденности и принятие мер по подготовке к работе и запуску оборудования, наименее пострадавшего в аварии.